環境微生物生態工学研究室

 （2013年度からの二又・田代研究室のHPです。2012年度までの二又研究室のHPはこちら）
環境問題が深刻化する現在において、微生物を用いたバイオテクノロジーは環境低負荷な物質生産やエネルギー生産などを可能とするため注目されています。私たちは微生物生態学の視点から、微生物を用いた汚染環境の修復や保全あるいはエネルギー生産に関する研究に取り組んでいます。

2020年度　博士課程2名、修士課程6名、卒研生 (学部4年生) 6名　となりました。

＜2020年度 ＞
・COVID-19の影響はありますが・・・

良い研究室にしていきましょう！

＜2021. 3. 19.　卒業式-その4＞ 二又田代研全員で記念写真（みんないい顔じゃ）

左から、M2安池君、M2上野君、B4菅野さん（院へ）、B4今泉君（就職）、B4林君（院へ）、B4窪野君（院へ）

＜2021. 3. 19.　卒業式-その3＞
卒業式の後、研究室に分かれて証書の授与を一人ひとりに。その後、後輩達からの贈り物、そして挨拶。

＜2021. 3. 19.　卒業式-その２＞
他の研究室の学生と

  • 金原新谷研M2の早川君。がんばれ〜
  • 田代先生と早川君
  • 福原研の平田博士と。企業でも頑張ってください。
  • 川井研の分部さんと。彼女はB4では二又研で院で別の研究室に。修論はいいものでしたし、最後の挨拶にグッと来ました。頑張れよ！

＜2021. 3. 19.　卒業式-その１＞
我々の所属するコースでは卒業式を、広い教室にて実施（学部生と修士は時間を分けて）。

  • 金原学科長より卒論ベストプレゼンテーション賞を受賞するB4の今泉君（田代研）。企業でも頑張れ。
  • M2の集合写真：はーい、みんなマスクをちょっとだけ外そう
  • みんな頑張ったもんな。はい、チーーズ！

＜2021. 3. 9.　立つ鳥跡を濁さず＞
M2の安池君、最後の後片付けを。最後まで、やり抜きましたね（パチパチパチ）。

  • 洗いますよ〜
  • そんなことないっすよ〜

＜2021. 3. 5.　無いものは作りましょう＞
導入する恒温培養槽を台車に乗せた状態で設置したい（かなり重いので、掃除とか配置変えの時に便利な様に）・・・と言うことで台車を作りましょう。土台となる板を購入、電動ノコギリでカット、塗装中。この後、車輪を設置すれば完成です。

＜2021. 2. 26.　研究は続く・・・どこまでも＞
M2とB4の発表は終わりましたが、いつも通りの研究の日々です。B3達も先輩達から学ぶために頑張ってます。

  • 片井君 (B3)
  • 手前からJabir君(D3)、天野君(M1)、
    池田君(B3)
  • 安池先輩(M2:右）から指導を受ける市川君(B3)
  • 左から大前君(M1)、Jabir君(D3)、
    安池君(M2)
  • 左から市川君、片井君
  • 酸素電極を用いたKinetic測定を、天野君 から学んでいる池田君

＜2021. 2. 22.　卒業論文発表会＞
今年の卒論発表会、修士論文発表会、共に対面で実施。広い教室（席数160)に先生方20名弱、発表する学生1名、次の演者達が4名、のスタイルで実施。Webで発表会を実施する意見もありましたが、やっぱり対面がいいね。

  • 発表終了後。左：窪野君、右：菅野さん。今泉君と林君はたまたま着替えかなんかで不在でした・・残念ナリ。全員とも色々と頑張りました。

＜2021. 1. 20.　浜松最低気温-1℃＞
さぶい日が続いています。でも冬はちゃんと寒い方が健全だよ。で、朝の登校時に、キャンパス中央にある噴水に氷柱を発見。浜松で氷柱を目にするとは。

＜2021. 1. 14.　パッカーーーン＞
研究で必需品のグローボックスが、、、、、、内扉のアクリル板がパッカーンと割れてしまいました。うぐぐぐ（涙）。業者さんに連絡すると「そんなこと聞いたことがありませんなあ」と。米国からの部品取り寄せのため、結局６週間ほどかかりました。

＜2020. 12. 24.　大掃除＞
毎年恒例の研究室のお掃除。田代研と一緒に・・・なのでちゃんとやります。掃除は上からが基本です、、、から機器や試薬瓶にカバーを。

＜2020. 12. 11.　３年生の歓迎会＞
コロナ禍のため３年生の研究室配属が例年より２ヶ月延期に。
ようやく配属先が決まって、その歓迎会を。とは言うものの、例年のような飲み会の歓迎会はできず・・・教室で顔合わせを。

この教室（10Fにあります）からは遠くに遠州灘が見えます。早く３年生達、来ないかなあ〜の図（左から本荘君[D2]、石澤君(JSPS PD)、奥に菅野さん(B4)、手前に朝倉さん(B4)、中道さん(M1)。

＜2020. 11. 19.　研究discussion＞
数理の専門家ー斎藤先生（島根大学）をお招きして、久々の研究discussion.
数学と微生物生態学のコラボは面白い！見えなかったところが見えてくる、新しい疑問が湧いてくる、刺激的です。

  • コロナ禍なのでマスク着用で。左から、二又、斎藤先生、石澤博士、武田先生（静大）、本荘君(二又研 D2)。またよろしくお願い致します！

＜2020. 10. 11.　気持ちがいいね＞

  • 朝の登校時に。浜松キャンパスの大きな楠と青空。今日もいい日になりますように。

＜2020. 9. 2.　Go! Go! Sampling＞

微生物生態系の安定性や恒常性の発揮機構を理解したい・・・ので分離株を用いたモデル微生物生態系を組み立てて研究をしています、、、けど、複雑系でもなんとか迫れないか、ということで土壌のサンプリングに。
天野君(M1)と舩川君(B4)と一緒に腐葉土を求めて。この後、ヤブ蚊の襲来を受ける。二又よりも学生の被害が濃厚・・新鮮な方がいいよね。

先の場所が今ひとつだったので、違う場所に移動・・・なんとなく良い感じ。
  • 様子はどうかなぁ・・・
  • ここは良さそう
  • こんな感じ


＜2020. 7. 31.　シャーミンさん来研＞
昨年度9月に修士を卒業したシャーミンさん（田代研卒）、突然の訪問。コロナ禍で在宅勤務を余儀なくされているそうです。


今年度ラボの(ほぼほぼ)フルメンバー。新たに設置された田代研をバックに。左から安池君(M2)、上野君(M2)、田代先生、シャーミンさん、天野君(M1)、林君(B4)、石澤君(学振PD)、窪野君(B4)、今泉君(B4)、大塚さん、菅野さん(B4)、菅谷さん。
シャーミンさんからの差し入れ（バングラデッシュの焼飯）、美味しく頂きました。東南アジアの味を思い出しました。


＜2020. 7. 10.　鈴木研志君、来研＞
　昨年９月に博士号を取得した研志君。この４月から東京大学野尻先生のプロジェクトにポスドクとして参画。当初はコロナ禍のために自宅待機・・・。先月から研究を徐々に再開とのこと。論文や研究やらの打ち合わせのために本日来研。後輩たちと談笑の図@学生部屋にて。
左からDr.研志君、M2安池君、D2 Jabir君、M1大前君。後輩達も楽しそう・・・
三密を避けるために、机の間隔を空けて、机の配置を変更し、昨年度とは異なる配置になりました。


＜2020. 7. 8.　New 田代研究室＞
　田代先生がテニュアトラック助教から講師へ昇格し２年目にしてようやく規定の４スパンのラボに。Newラボとはいうものの、なかなか風格がありすぎて・・・田代研総出で手直し中。下の写真は壁の塗り替えの図です。ちなみに田代研と二又研、同じ大部屋を共有です。
左からB4 菅野さん、M1 中道さん、補佐員 大塚さん、菅谷さん


＜2020. 6. 27.　高校生 研究室訪問＞
　名古屋工業高校の3年生 加藤君、2年生 大石君が我々の研究室の研究（微生物燃料電池と微生物が生成する蓄電物質）に興味を持ち、研究discussionをすることに。
直接電話をかけてきて、二人の考えを聞き、土曜日に研究室で会うことになりました。我々が発表してきた論文や特許にも目を通してあり活発な意見交換を実施。すごいよね。その時の記念写真@二又の居室。

＜2020. 4. 26.　Fatmaさん一家、ようやく帰国の途に＞
JSPS 論博プログラムで昨年度１年間研究室に。ご家族で日本に来られ、お子さん達は日本の小学校に通学し日本語がペラペラに。３月に帰国予定が、COVID-19の影響でフライトがキャンセル・・・帰国の目処が立たない中、様々な方々の援助を受け日本での滞在を続けることができました。特別機が準備され、ようやく帰国の途に。新幹線＠JR浜松駅での写真。皆さん、お元気で。またお会いしましょう！

 

 < 研究業績 >
田代先生の論文のデータがApplied and Environmental Microbiologyの表紙を飾りました。

< 論文 >

  1. Yuya Sato, Eiji Tanaka, Tomoyuki Hori, Hiroyuki Futamata, Keita Murofushi, Hiroshi Takagi, Takuto Akachi, Teruhiko Miwa, Tomohiro Inaba, Tomo Aoyagi, and Hiroshi Habe. 2021 Efficient conversion of organic nitrogenous wastewater ot nitrate solution driven by comamox Nitrospira. Water Res. in press doi. 10.1016/j.waters.2021.117088
  2. Fatma Azwani Abdul Aziz, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Koki Amano, Abd Rahman Jabir Bin Mohd Din, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata* 2021 Coexisting mechanisms of bacterial community are changeable even under similar stable conditions in a chemostat culture. J. Biosci. Bioeng. 131(1):77-83. doi:10.1016/j.jbiosc.2020.09.009
  3. Lee, GLY, NN Zakaria, P. Convey, H. Futamata, A. Zulkharnain, K. Suzuki, KA Khalil, NA Shaharuddin, SA, Alias, G. Gonzalez-Rocha, and SA. Ahamad. 2020 Statistical optimization of phenol degradation and pathway identification through whole genome sequencing of the cold-adapted Antarctic bacterium, Rhodococcus sp. strain AQ5-07. Int. J. Mol. Sci. 21(24):9369. doi: 10.3390/ ijms21249363 (IF 4.556 on Journal Citation Reports)
  4. Hidehiro Ishizawa, Minami Tada, Masashi Kuroda, Daisuke Inoue, Hiroyuki Futamata, and Michihiko Ike. 2020 Synthetic bacterial community of duckweed: A simple and stable system to study plant-microbe interactions. Microbes Environ. 35(4): doi:10.1264/jsme2.ME20112.
  5. Fatma Azwani Abdul Aziz, Kenshi Suzuki, Koki Amano, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata* 2020 Draft genome sequence of phenol-degrading Variovorax boronicumulans strain c24. Microbiology Resource Announcements. Sep 10;9(37):e00597-20. doi: 10.1128/MRA.00597-20.
  6. Takaki K, Tahara YO, Nakamichi N, Hasegawa Y, Shintani M, Ohkuma M, Miyata M, Futamata H, Tashiro Y. 2020 Multilamellar and multivesicular outer membrane vesicles produced by a Buttiauxella agrestis tolB mutant. Appl. Environ. Microbiol. 86(20):e01131-20. doi: 10.1128/AEM.01131-20
  7. Fatma Azwani Abdul Aziz, Kenshi Suzuki, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata* 2020 Draft genome sequence of phenol-degrading Variovorax boronicumulans strain HAB-30. Microbiology Resource Announcements DOI: 10.1128/MRA.01478-19 2020 9(7) e01478-19.

＜学会発表＞

  1. 中道菜緒、森内良太、道羅英夫、二又裕之、田代 陽介「同属細菌間ゲノム比較とランダム変異解析による膜小胞過剰形成の機構解明」日本農芸化学会大会（オンライン、2021年3月21日）
  2. 中道孝一朗、金子健成、森光矢、森内良太、道羅英夫、金原和秀、二又裕之、新谷政己　多摩川流域における薬剤耐性遺伝子の伝播を担うプラスミドの収集と比較　日本農芸化学会2021年3月18日（東北大学、Online開催）
  3. 中道菜緒、森内良太、道羅英夫、二又裕之、田代陽介　同属細菌間ゲノム比較とランダム変異解析による膜小胞過剰形成の機構解明　日本農芸化学会2021年3月18日（東北大学Online開催）
  4. 石澤秀紘、二又裕之　ウキクサ植生浄化システムにおける天候―水質―生物相の時系列解析　水環境学会　2021年3月12日（京都大学、Online開催）
  5. 中道菜緒、二又裕之、田代陽介「細菌膜小胞形成における細胞膜表面のリポ多糖欠失の影響」膜シンポジウム（オンライン、2020年11月12日）
  6. 中道菜緒、二又裕之、田代陽介　膜小胞過剰形成Buttiauxella属細菌における小胞放出関連因子の探索　農芸化学会中部支部大会　2020年9月26日（名古屋大学、Online開催）
  7. 髙原翠夏人，平山悟，中尾龍馬，二又裕之，田代陽介　バイオフィルム由来膜小胞による免疫応答促進　農芸化学会中部支部大会　2020年9月26日（名古屋大学、Online開催）
  8. 中道孝一朗、金子健成、森光矢、森内良太、道羅英夫、金原和秀 、二又裕之、新谷政己　薬剤耐性遺伝子の伝播に寄与するプラスミドの収集（Exogenous capturing of self-transmissible plasmids from natural environment transmitting antibiotic resistance genes）日本進化学会2020年度大会　Internet conference 2020年9月6日
  9. 中道菜緒、二又裕之、田代陽介「膜小胞過剰形成Buttiauxella属細菌における小胞形成関連因子の探索」日本膜学会年会（誌上開催、2020年6月1日）